Malgré l'intérêt conceptuel ou eidétique que peuvent susciter les théories présentées, il est important que le lecteur garde en éveil tout son sens critique. Sachez, par exemple, que la mythologie védique du Yoga semble associer la glande pinéale tantôt au "Chakra Ajna" (souvent assimilé au 3ème œil), tantôt au "Chakra Sahasrara" ou (chakra de la couronne), situé au sommet du crâne. Or, la fonction de la glande pinéale fut fort tardivement identifiée. Cette difficulté explique sans doute les nombreuses spéculations physiologiques autant que métaphysiques qui ont entouré son rôle supposé dans la pensée.

René Descartes considérait qu'elle était "le siège" de l'âme, et cette affirmation a influencé bien des pensées métaphysiques et religieuses ; cela reste même vrai aujourd'hui. Descartes croyait, entre autres idées quant à son rôle, que la glande pinéale était le seul organe cérébral à n'être pas conjugué, c'est-à-dire à n'être pas formé d'un couple d'organes symétriques par rapport au plan sagittal. Les outils d'examen ont progressé, le rôle de l'organe est mieux connu, et les études histologiques actuelles montrent que la glande pinéale est bien un organe conjugué dont les deux hémisphères ont presque fusionné.

Rappelons ici que Descartes professait ardemment un dualisme substantiel distinguant la nature spirituelle de l'âme, (la res cogitans), opérant dans le champs de ce qu'il appelait "la pensée", et la nature physique du corps, (la res extensa), définie par une notion géométrique "d'étendue". Dès lors que Descartes a écarté cette distinction (qu'il estimait cependant fondamentale), en tentant de localiser l'âme dans sa liaison avec le corps, son argumentation s'est ultérieurement affaiblie et il apparut qu'il s'était trompé.

Les développements suivants exposent des théories spiritualistes fondées sur la localisation de la plupart des aptitudes et capacités transcendantes humaines dans des organes conceptuels précisément décrits qui ont cependant bien moins d'évidence existentielle que la pinéale de René Descartes. Il appartient à chaque lecteur d'user de ses propres facultés de discrimination et de sérieusement méditer sur le sujet pour déterminer s'il peut accepter de croire, ou non, en la réalité des représentations exposées.

Les chakras sont des organes suprasensibles qui appartiennent au corps astral. Selon la théorie occultiste du Septénaire, vulgarisée par les Théosophes dès la fin du 18e siècle, le corps astral est l'un des sept corps dont les êtres humains sont constitués. Superposé au corps physique et au corps éthérique, il se compose de forces et de substances empruntées au plan astral. Perceptible grâce à la vision clairvoyante ou troisième œil, ce corps entoure les êtres vivants et il est animé d'une sorte d'aura parcourue de courants colorés et lumineux qui reflète leur état psychique. Dans l'hindouisme, dans certaines Upanishad, dans le Yoga et dans le Védânta, en particulier, il est fait mention de plusieurs "fourreaux", "gaines", "enveloppes" (koshas) constituant divers "corps". Selon la philosophe néoplatonicienne, en particulier chez Jamblique (vers 320) et Proclos, l'être humain a trois constituants : le corps, les «véhicules, enveloppes ou tuniques» (okêmata), de nature éthérée (l'éther du ciel), ou astrale (les souffles des planètes, Soleil, Lune, etc.),  et enfin l'âme, qui est pur esprit. Rappelons qu'Helena Blavatsky, Annie Besant  et d'autres auteurs de la Société Théosophique ont présenté divers schémas du septénaire humain. Dans La Clé de la Théosophie, afin de décrire la double nature mortelle et immortelle de l'homme, Helena Blavatsky, fait référence à la conception platonicienne de l'âme en trois parties (Noüs,  Psyché, Soma) et à la constitution septénaire comme étant un déploiement de cette conception ternaire. La Clé de la Théosophie la met en correspondance avec les quatre éléments (terre, eau air, feu) et les quatre règnes. Le septénaire se divise donc en deux groupes : un ternaire ou triade (triangle) qui représente la partie atemporelle, divine et transcendante en l'Homme, et un quaternaire (carré) qui représente la partie mortelle et matérielle.

La Théosophie postule un principe éternel qui est toute chose et tout être, présent en toute chose et tout être. L’univers en est la manifestation, comme Esprit et Matière, l’un et l’autre étant les deux pôles opposés du principe unique inconnu. Ils coexistent mais ne peuvent être séparés l’un de l’autre. En se manifestant, l’Esprit-Matière se différencie sur sept plans, la substance y étant toujours la même mais se densifiant d’un plan à l’autre. Ainsi compris, l’univers entier est vivant, conscient et intelligent sur tous les plans, bien qu’obscurci au niveau le plus bas. L’homme est donc un esprit enfermé dans la matière, (spirituelle en essence). Il est une image en miniature de l’univers qui se manifeste lui même en sept différenciations. L'homme peut être décrit comme un être septuple. Âtman, l'Esprit, se tient au sommet, puis, au plus près de l’esprit, vient l’âme spirituelle, Buddhi, qui est relié à Manas, le mental. Ces trois principes supérieurs constituent la véritable trinité pensante impérissable, l’entité humaine réelle, vivant ici bas dans les véhicules appropriés. En dessous de cette trinité, il existe une quaternité plus dense, ordonnée en qualité, le plan des désirs et des passions, partagé avec le règne animal, puis la vitalité brute, qui se manifeste comme énergie et mouvement. Plus dense encore, le double ou corps astral qui est le plan ou modèle du corps physique qui règle son organisation biologique et assure son apparence. Enfin, on trouve le corps physique, perceptible aux sens. Ces quatre principes inférieurs (désirs, vitalité, corps astral et corps physique) constituent la partie transitoire, périssable, de l’homme, l'instrument abandonné à la mort puis reconstruit dans les réincarnations. C’est la trinité permanente qui constitue l’homme réel, l’individualité qui passe en acquérant de l’expérience à chaque nouvelle naissance, l'unité Âme-Esprit vivante.

Depuis la nuit des temps, les anciennes religions asiatiques évoquent une force mystique appelée "Kundalini Satki". Elle est définie comme une énergie primordiale, vitale ou divine selon les auteurs. Le terme sanskrit  Kundalini signifierait « enroulé en spirale ». la Kundalini est d'ailleurs communément décrite sous la forme d'un serpent enroulé trois fois et demi sur lui même et situé au bas de la colonne vertébrale, dans la région du sacrum. Dans les représentations dont nous disposons, on observe cependant que le nombre de spires comme l'orientation peuvent différer ce qui semble montrer que ces détails importent assez peu. La Kundalini peut aussi être localisée ailleurs, parfois à l'extérieur de la figure humaine, et elle est souvent associée à une représentation du soleil ou de la lune. Le serpent qui symbolise la Kundalini, en tant qu'énergie primordiale ou divine, ne doit pas être confondu avec d'autres symboles, serpentins par pure analogie, qui représentent les canaux par lesquels l'énergie circule dans le corps. Rappelons que, selon les textes védiques, il existe un canal central, appelé "sushumna" qui va du sacrum au sommet du crâne, et qui est accompagnée de deux autres canaux qui montent en s'enroulant en spirale autour de lui comme dans le Caducée. La Kundalini Satki, énergie primordiale, vitale et divine, est évidemment unique par essence. Les chercheurs pensent souvent qu'ils doivent s'efforcer d'éveiller leur Kundalini, mais il faut bien comprendre que la Kundalini, n'est jamais vraiment endormie quand elle est l'énergie primordiale, la "chetana" qui anime le corps vivant. Elle est alors appelée "prana-shakti". Lorsque l'on parle d'éveil, il s'agit d'un changement du degré d'activité par lequel l'énergie dispensée va passer du niveau qui assure simplement les fonctions vitales ordinaires à un niveau plus élevé qui impliquera une évolution des sept corps en raison de l'interaction permanente des multiples aspects humains dans l'unicité de la manifestation divine. Par ce changement la "chetana" change de rôle, et de "prana-shakti" devient "Kundalani". Signalons ici que la méthode initiatique du Christianisme ésotérique de Van Rijckenborgh mobilise trois kundalinis, (coeur, bassin, tête).

Au dessus des quatre chakras de la quaternité existentielle, et dans le même alignement vertical, on situe les trois chakras de la triade essentielle : 5 / Sur la gorge, ou l'épine cervicale, « le Chakra de la gorge dit Chakra extraordinairement pur, Shakra visuddha », de couleur bleue, associé à la paix, la volonté, l'action, la communication et aux facultés d'expression,mais aussi à la jalousie, l'abus de pouvoir. 6 / Au centre du front, entre less yeux, « le Chakra des savoirs ou chakra du troisième œil, Chakra Ajna », indigo, associé au pardon, à l'intelligence, à l'intuition, àla sagesse, à la vision et aux rêves, à la perception et au discernement, et à l'orgueil et l'arrogance. 7 / Enfin, au dessus de la tête, « le Chakra de la couronne ou chakra des 1000 rais, Shakra Sahasrara », violet, associé à la conscience, à la liberté, à l'infini à la divinité, et aux rapport avec Dieu sans aucune association négative. Au sein de cette triade  se tiennent  Âtman, l'Esprit, au sommet, puis Buddhi, l’âme spirituelle reliée au mental, Manas, les trois principes qui constituent la véritable entité humaine impérissable, vivant actuellement ici bas dans ses véhicules  appropriés. Chez les Théosophes, Annie Besant et plus particulièrement Charles Webster Leadbeater (dans son livre " Les chakras - Centres de force dans l'homme") ont théorisé le rôle des différents chakras ainsi que la transformation effectuée par l'éveil et la montée de la  Kundalini.  L'homme, nous dit Annie Besant,  est l'être dans lequel, quelle que soit la partie de l'univers qu'il habite, l'Esprit le plus élevé et la matière la plus basse sont unis par l'intelligence. C'est donc à ce niveau qu'il faudra séduire "prana-shakti" pour qu'elle devienne "Kundalani", le cœur de l'Homme-Âme. Pour cela, il faut, par l'amour, la méditation et la prière, purifier le temple mental de la violence et de l'inflation de l'ego (qui se manifeste d'ailleurs dans la dangereuse volonté de forcer l'éveil de la kundalini).

C. W. Leadbeater, dans son livre, émets de vives inquiétudes quant au danger extrême de cette imprudence, "Je mets très solennellement en garde, dit-il,  tous les étudiants contre un effort quelconque tendant à éveiller ces énergies formidables, sauf sous une direction expérimentée ../... Cette force est une réalité formidable, l'un des grand principes de la nature. Je l'affirme avec toute l'insistance possible, ce n'est pas un jouet ; ce n'est pas une question dont on puisse s'occuper à la légère ../.. Le vieil aphorisme demeure vrai : "Cherchez d'abord le royaume de Dieu et Sa justice, et tout le reste vous sera donné par surcroît".Voici la conclusion du livre, que je crois utile de vous faire partager : La conscience de l'homme ordinaire  ne peut encore employer la matière atomique pure, ni dans le corps physique, ni dans le corps astral ; normalement il lui est donc impossible de communiquer consciemment et à volonté entre les deux plans. La vraie manière d'y parvenir est de purifier les deux véhicules jusqu'à ce que la matière atomique étant complètement vitalisée dans chacun, toutes les communications puissent emprunter cette route. Dans ce cas le réseau conserve au plus haut point sa position et son activité sans faire désormais obstacle à une communication parfaite ; en même temps il continue à jouer son rôle particulier, celui d'empêcher tout contact étroit entre des sous-plans inférieurs qui ouvriraient le passage à toutes sortes d'influences indésirables. Voilà pourquoi l'on nous adjure toujours d'attendre, pour développer les facultés psychiques, le moment où elles se manifesteront naturellement, en conséquence du développement de notre caractère ; l'étude de ces centres de force nous en donne l'assurance. Telle est l'évolution naturelle ; c'est la seule méthode sûre, car elle permet à l'étudiant de recueillir tous les avantages et d'éviter tous les dangers. Ce Sentier, nos Maîtres l'ont suivi  jadis ; c'est donc aujourd'hui celui que nous devons suivre.".